提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
抱团海外参展 浙江海宁50余家家纺企业搭乘国际展会“快车”******url:https://m.gmw.cn/2023-01/07/content_1303247263.htm,id:1303247263
新华社客户端浙江频道1月7日电(记者魏董华)6日,浙江省海宁市举办2023年“出海抢单”拓市场暨“德国法兰克福国际家用及商用纺织品展览会”抱团参展项目启动仪式,海宁市将有50余家家纺企业搭乘展会“快车”,开启外贸发展“加速度”。
作为全球规模和影响力最大的专业家纺类展会,德国法兰克福国际家用及商用纺织品展览会将于1月10日-13日举办。海宁市委市政府积极响应浙江省“千团万企拓市场抢订单”活动,此次参展既是浙江省2023年开年首个“抱团出海参展拓市场”活动,也是本届德国法兰克福家纺展全国规模最大抱团参展展团。
在法兰克福展览有限公司纺织品及纺织技术展副总裁施密特看来,在过去举办的展会中,中国参展商带来的高质量纺织品一直是展会上的一大亮点。今年,展会邀请了400多家中国公司,其中约50家企业来自海宁市。“我们看好本次国际家用及商用纺织品展览会,相信这将为海宁等中国参展商带来更多的国际商机。”
值得一提的是,本次启动仪式上,海宁市商务局与中国国际贸易促进委员会纺织行业分会线上签署战略合作协议,双方将在助力企业积极拓展国际市场、开展出国展览计划等方面携手共进,共谋发展。
记者了解到,2022年,海宁市组织20余家企业“包机赴日”参展拓市场,展会期间开展商务洽谈近200次,意向成交金额超1100万美元;举办“2022浙江海宁出口商品网上交易会(RCEP系列专场)”,组织54家海宁外贸企业与64家来自日本、韩国、越南等RCEP市场地区的境外采购商进行精准匹配对接,完成189场次线上洽谈,达成意向金额近500万美元。在政府和企业的共同努力下,2022年海宁外贸出口逆势增长,全年出口总额突破700亿元,增长21%。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)